La Máquina volvió a iniciar irregularmente el torneo Apertura 2019, y en la jornada 8 Cruz Azul empataría contra Guadalajara a un gol; el 1 de septiembre, los directivos de Cruz Azul se reunieron para decidir la salida de Pedro Caixinha. Sin embargo, en el torneo de liga, el equipo no lograría levantar y culminaría el mismo como doceavo general con 23 puntos. Para el Clausura 2019 los celestes tuvieron un inicio flojo, pero lograron mejorar en las últimas jornadas para terminar como cuarto sitio general de la tabla.
